Buna göre Diyanet'e, 2006 Yılı Merkezi Yönetim Bütçe Kanunu ve yıl içi aktarma işlemleri ile toplam 1 milyar 307 milyon 348 bin 93 YTL ödenek ayrılmış olmasına rağmen Başkanlık, yüzde 77'si personel giderlerinde, yüzde 10.86'sı sosyal güvenlik kurumlarına devlet primi giderlerine, yüzde 11.66'sı mal ve hizmet alım giderlerine, yüzde 0.08'i cari transferlere ve yüzde 0.4'ünün ise sermaye harcamalarına olmak üzere toplam 1 milyar 452 milyon 348 bin 693 lira harcadı.
Raporda, "Başkanlığımızın her kademesinde görev yapan personelimiz, sunduğu hizmetin ve bu hizmetler için kurumumuza sağlanan bütçe imkanının ülkemiz ve teşkilatımız açısından ne kadar önemli olduğunun bilinci içerisindedir. Bu nedenle, ilgili ve yetkili personelimiz, bütçe harcamalarında bu bilinç ve duyarlılık içerisinde hareket etmektedir" denildi.
Bütçe ödeneklerinin imkanlar ölçüsünde artırılması gerektiğine işaret edilen raporda şunlar belirtildi:
"Ancak personel giderleri dışında bütçe kalemlerinin yetersizliği, hizmetin yerine getirilmesi aşamasında, zaman zaman bazı sıkıntı ve problemlere neden olmaktadır. Özellikle mal ve hizmet alım gideri ile yatırım giderlerine ait ödeneklerin yılların bütçelerine bakıldığında yetersiz kaldığı görülmektedir. Bu yetersizliği telafi etmek ve hizmetlerimizi arzu edilen düzeyde sunabilmek için zaman zaman bütçe dışı mahalli kaynaklara başvurulmaktadır. Ancak bu yola sıkça başvurulmasının, Başkanlığımızın ve Devletimizin kamuoyundaki itibarı açışsıdan bazı olumsuzlukları doğuracağı şüphesizdir."